Насчёт использования обеих рун одного типа - тут промах ни при чём. Попросту руны по очереди восстанавливаются когда тратятся.
А при промахе ты просто тратишь гкд, руны возвращаются, правда тратится часть силы рун (не помню сколько, аналогично с варами)
На 4.0.6 у нас было как-то так.