Хм... я полагаю вы не вразумительное хотите услышать, а хотите чтобы проблемы такой не возникало.
Над проблемой работаем. Из сделанного:
1) Оптимизация конфигурации БД - сделано.
2) Ограничение онлайна с целью уменьшения времени выполнения цикла - сделано.
3) Чистка и оптимизация базы - в очереди.
4) Новые мысли - в очереди.
5) Переписать код - полный фейк, в очереди...
