По-идее даже если квесты были сделаны вразнобой, то все равно должны выдаваться, те которые не были сделаны. То есть цепочка заданий не должна обрываться, а квесты должны выдаваться. Переписывать скрипт нет нужды - не в нем суть. Все покажет Комплетист. У меня в лесу Келптар были сделаны все до единого квеста, на мерцающем просторе - тоже все квесты вплоть до Честь и Слава. Ни одного не пропущено.
Но кто знает, может быть есть какая-то проблема с невыдачей квестов, которые не были выполнены когда-то ранее.