Проблема в том, что автоматической смены квестов при смене фракции не произошло. Ожидайте, когда будет доработан механизм. После доработки аналогичные завершенные квесты будут завершены при входе в игру (или в меню у нпц), квесты в процессе - отменены, если надо.