банальный вопрос: "а прогоняешь стандартным виндовским или отдельную прогу качал?"
то, что ты описываешь, оооочень похоже на умирающий хард. но он бы тогда все загрузки слоуполчил. если ты пользуешься стандартным дефрагментатором винды, то лучше не надо)) попробуй O&O Defrag Pro в режиме "дефрагментация и оптимизация"