Шмот/Ачивы/профессии/вещи в банке всё останется или станут аналогами за другую фракцию.
Если у Вас начаты какие-то серьезные цепочки, то лучше их закончить. После смены фракции Вам вновь придется пройти цепочку для доступа в кузню, яму, залы.