Просто так не слетают. Настройки аддонов хранятся по отдельности, в другой папке. Все закономерно в том, что при переустановке аддонов ничего не меняется.
Чтобы настройки спокойно могли записаться в файлик и не слететь, надо после конфигурации сделать обычный релог (не Alt+F4) и тогда все будет гуд, ну и в папке SavedVariables (//.../WTF/Account/name_account/SavedVariables) ничего не удалять :)