Никогда такого не было, после рефракции репутацию серебряного турнира нужно было качать заново(включая ачивы).
Даже тут написано: https://eu.support.blizzard.com/ru/article/32063
Если вернетесь обратно(в Вашем случае на Альянс), то вернуть достижения можно через NPC в Даларане("Мастер по ремонту персонажей").Все достижения Серебряного турнира (в процессе выполнения или полученные) обнулятся.