Вроде раньше, я не делал цепочку профессии. Пройдя цепочку Азсуны там давали кв по профам.
Насколько давно это было? Возможно правки по сбору квестов в цепочку были уже после. В любом случае придется искать потерявшийся квест, проверяя все предшествующие.

По всей видимости я эти проблемы и вызвал. Никак это исправить нельзя?
Мне такие способы неизвестны.
Если достижение нужно для полетов, придется повторно выполнять сюжет другим персонажем на этом аккаунте.